根據民航地區行政機構的主要職能，民航中南地區管理局設置19個職能機構、3個黨群工作機構和1個離退休干部工作機構。

　　1、辦公室（外事辦公室、港澳臺事務辦公室、應急管理辦公室）

　　協助地區管理局領導處理日常行政事務，綜合協調、督促檢查地區管理局機關政務工作；負責地區管理局機關的文秘、機要、保密、檔案、信訪、行政管理、政務公開、電子政務等工作；負責地區管理局的外事管理與接待工作；承擔轄區內民航應急工作和重大事項的組織協調；按授權，處理轄區內涉港澳臺民航事務。

　　2、航空安全辦公室

　　綜合管理轄區內的民用航空安全；組織調查處理轄區內的一般民用航空飛行事故、地面事故和飛行事故征候及其他不安全事件；參與轄區內重、特大運輸飛行事故的調查處理工作；發布安全指令和安全通告；負責轄區內民用航空安全信息的收集、分析和發布；按規定組織轄區內安全評估工作并承辦航空安全獎懲工作；組織、指導轄區內的航空安全教育和航空安全管理研究工作；承擔地區管理局航空安全委員會的日常工作。

　　3、政策法規處

　　負責地區管理局領導法律顧問和法律事務工作；提出政策建議；負責地區管理局各項政策、規定和合同草案的法律審查；組織并監督轄區內民航行政執法；負責轄區內行政處罰的審查和執行；負責轄區內民航各類行政執法監察員的管理；指導轄區內民航企事業單位法律工作；負責轄區內行業改革的有關工作，審核企業、機場聯合兼并和改制上市，受理企業、機場不公平競爭的設訴；負責轄區內以地區管理局為業務主管單位的社會團體的管理。

　　4、計劃統計處（節能減排辦公室）

　　研究提出所轄區域民用航空發展規劃，對民用機場布局和機場、航路建設規劃以及航線開辟提出建議；負責轄區內民用機場新建、改擴建、遷建等項目的前期審查；負責轄區內民用機場使用政府性基金補貼項目的審核或審批及其監督工作；承辦轄區內購租航空器項目的評估工作；負責轄區內行業信息統計工作；負責地區管理局及其所屬單位的固定資產投資及基本建設、技術改造、利用外資等計劃項目的管理；負責轄區內民用航空企事業單位收費監督和航油供油保障的有關工作；負責轄區內民用航空機電產品國際招投標的監督管理；承擔轄區內民航行業節能減排有關管理工作。

　　5、財務處

　　負責直屬單位的資產管理、資金管理和外匯額度使用管理；監督管理轄區內國家財政專項資金使用；負責直屬單位的財務預決算管理及轄區內財務信息統計工作；負責直屬單位政府采購工作；負責直屬單位固定資產投資項目財務與資金管理；監督檢查直屬單位財務管理情況，負責組織管理局權限內的民航基本建設項目竣工決算審批；負責轄區內行政性收費的監督；協助征收政府性基金；負責地區管理局日常財務管理工作；承擔對有關領導干部的經濟責任審計和離任審計工作。

　　6、人事科教處

　　管理和指導地區管理局機關及直屬單位的人事、勞動工資、機構編制、社會保險、培訓教育、智力引進、科技等工作；按規定權限管理直屬單位領導干部；負責地區管理局機關及其派出機構的公考招錄、考核、任用、調配等工作；組織實施轄區內民航科技項目，協調科技成果推廣應用工作；負責轄區內民航信息化管理以及網絡與信息安全監管工作；承擔轄區內民航主體系列職稱評審相關工作，協調轄區內行業培訓和人才隊伍建設工作。

　　7、運輸管理處（國防動員辦公室）

　　對轄區內民用航空運輸（含國際航空運輸）市場實施監督管理，參與對民用航空企事業單位收費的監督；審核轄區內航空運輸企業的經營許可申請；按規定權限審批航空運輸企業航線及加班、包機申請；負責轄區內航空運輸地面服務、計算機訂座系統的市場準入及其監督管理；管理轄區內民用航空消費者事務，負責消費者對轄區內航空運輸企業投訴受理的監督管理；管理轄區內民用航空國防動員工作；組織協調轄區內重大、特殊、緊急運輸航空搶險救災工作；對轄區內民用航空客貨運輸安全以及危險品航空運輸實施監督管理。

　　8、通用航空處

　　對轄區內通用航空市場實施監督管理；負責轄區內通用航空企業的經營許可管理，辦理轄區內非經營性通用航空的登記并實施監督；組織協調轄區內重大、特殊、緊急通用航空搶險救災工作。

　　9、飛行標準處

　　負責實施民用航空器運營人在轄區內的運行合格審定及補充審定并進行持續監督檢查；辦理對轄區內飛行訓練機構的合格審定事宜；負責轄區內民用航空飛行人員、乘務人員的資格管理。

　　10、外國航空公司審定和監管處

　　負責規定范圍內外國和我國特別行政區公共航空運輸承運人的運行合格審定和持續監督檢查，負責協調其他民航地區管理局對本管理局實施運行合格審定的外航的監督檢查工作。

　　11、航空衛生處

　　監督管理轄區內的民用航空衛生工作，負責轄區內民用航空人員體檢鑒定工作并審核頒發體檢合格證；對轄區內民用航空體檢單位委任代表及民用航空體檢人員委任代表進行資格審查，并監督檢查其工作；負責對轄區內民用運輸機場的應急救護預案、國內交通衛生檢疫條例實施預案的審查，并實施監督檢查。

　　12、航務管理處

　　審核報批或批準轄區內民用航空飛行程序、運行最低標準、低能見度運行程序等各類應急程序；承辦有關飛行程序的驗證試飛、新技術應用推廣工作；負責對轄區內航務代理工作實施監管；負責對轄區內民用航空飛行簽派委任代表資格進行審查，并監督檢查其工作；按授權審查批準轄區內民用航空營運人的運行控制相關文件并監督檢查執行情況；辦理對轄區內飛行簽派員訓練機構的合格審定事宜；負責轄區內飛行簽派人員的資格管理。

　　13、適航維修處

　　審批民用航空器運營人在轄區內的航空器維修方案、可靠性方案、加改裝方案及特殊裝機設備運行要求；審核報批或批準民用航空器運營人在轄區內執管航空器的適航證、特許飛行證，并實施監督管理和使用困難報告的調查處理；審核報批或批準轄區內民用航空器維修單位維修許可證并實施監督管理，按授權負責對承修中國注冊航空器及其部件的國外維修單位的審查；負責轄區內維修人員培訓機構的合格審定；按授權負責民用航空器初始維修大綱審查的有關工作；負責轄區內航空器維修人員的資格管理。

　　14、適航審定處

　　按授權對航空器及其零部件、機載設備、材料等進行型號合格審定和生產許可審定；頒發民用航空產品的適航指令；辦理頒發民用航空器初始標準適航證的有關事宜；負責有關民用航空器的加改裝方案、特修方案和超手冊修理方案的工程審批工作；按授權負責航空油料及民航化學產品的適航審定；對有關委任代表進行資格管理；負責轄區內民航標準計量工作。

　　15、機場管理處

　　審核報批或批準轄區內民用機場（含軍民合用機場民用部分，下同）總體規劃、許可證和軍民合用機場對民用航空器開放使用的申請；對轄區內民用機場的安全運行、凈空管理、環境保護、應急救援工作進行監督檢查；審核報批轄區內新建民用機場的場址選址報告；負責對轄區內民用機場專業工程建設項目的設計審查、工程質量監督和行業驗收，對不停航施工進行監督管理；負責轄區內民航招投標管理（機電產品國際招投標管理除外）；對轄區內航油企業市場準入規則執行情況和安全運行進行監督檢查；負責消費者對轄區內機場投訴受理的監督管理。

　　16、空中交通管制處

　　負責組織對轄區內民航空域使用和空中交通管制、航行情報運行和安全實施監督管理；負責轄區內管制人員和航行情報人員資格管理的相關工作；組織協調轄區內航班時刻和空域容量等資源分配工作；組織協調轄區內專機、重要飛行保障和民用航空器搜尋救援工作；對轄區內民航空中交通管制、空域、航行情報發展和建設規劃提出建議，并跟蹤執行情況。

　　17、通信導航監視處

　　負責組織對轄區內通信導航監視運行和安全實施監督管理；負責轄區內通信導航監視設施設備行政許可管理和人員資格管理的相關工作；承辦轄區內民航無線電管理事項；對轄區內通信導航監視發展和建設規劃提出建議，并跟蹤執行情況。

　　18、航空氣象處

　　負責組織對轄區內航空氣象運行和安全實施監督管理；負責轄區內航空氣象設施設備行政許可管理和人員資格管理的相關工作；對轄區內航空氣象發展和建設規劃提出建議，并跟蹤執行情況。

　　19、公安局

　　指導、監督檢查轄區內民用航空空防安全工作和民用機場的安檢、消防、治安工作；審查轄區內民用機場、航空運輸企業的安全保衛方案和預防、處置劫、炸機或其它突發事件的預案；指導組織協調相關刑事、治安案件的偵查工作，指導相關安全保衛、國家安全和反恐工作；指導、檢查轄區內專機警衛工作；對轄區內民用機場安全保衛設施實施監督檢查；指導、監督檢查民用機場控制區內通行證件的發放管理工作；按授權，對轄區內民用機場進行航空保安審計；負責地區管理局所在省（區、市）（深圳市除外）空防安全監管及地區管理局機關的內部保衛、防火和治安綜合治理工作。

　　20、黨委辦公室（機關黨委、團委辦公室）

　　負責地區管理局及直屬單位的思想政治工作及精神文明建設，承擔地區管理局及直屬單位黨組織建設和宣傳教育工作以及共青團等工作；負責地區管理局統戰工作。

　　21、工會辦公室

　　負責地區管理局及直屬單位的工會工作；指導轄區內民航工會工作，維護職工合法權益。

　　22、紀檢監察處

　　按照黨章和有關規定實施黨內監督和行政監督，受理對檢查、監察對象的控告、申訴，調查、處理檢查、監察對象違反黨紀、政紀的案件。

　　23、離退休干部處

　　組織地區管理局離退休干部政治學習等活動；負責地區管理局離退休干部的醫療保健、生活福利、休養和用車等服務的安排；辦理地區管理局離退休干部的喪葬和善后處理事宜；對直屬單位的離退休干部工作進行檢查指導；負責離退休干部的統計、來信來訪等工作。